公积金扣款失败会进行第二次扣款的。公积金贷款扣款手续是银行设置好的自动扣款业务，只要在第一次没有扣款成功的情况下，系统会自动发起第二次扣款。简单来说，无论是银行商贷还是公积金贷款，扣款都是电脑系统自动扣款的，第一次扣款不成功的，稍后还会再扣一次的。
