好医保长期医疗和住院医疗的免赔额是不一样的，好医保长期医疗的免赔额为每6年累计1万元，而好医保住院医疗的免赔额是每年1万元。此外，两种保险的承保公司也不同，好医保长期医疗是由中国人保健康提供，好医保住院医疗由众安保险承保。
