使用医保码付款的时候是直接扣的职工医保个人账户的钱,是属于职工缴纳个人医疗保险费用的一部分。一般情况下医保码支付就是通过电子医保卡来实现支付的,在支付的时候都是默认使用个人医保账户的资金。如果涉及到报销结算的则需要通过社保卡或者医保卡来完成。